Krajowe Forum Oświaty Niepublicznej powstało w 1992 roku z inicjatywy Społecznego Towarzystwa Edukacyjnego w Bydgoszczy. Deklaracja założycielska KFON-u tak określała cel powołania tej organizacji:

"System edukacji potrzebuje zasadniczych zmian i różnorodnych, energicznych impulsów. Idea ta stała się przesłanką inicjatywy Społecznego Towarzystwa Edukacyjnego w Bydgoszczy zawiązania Krajowego Forum Oświaty Niepublicznej. Forum ma formułę otwartą. Nie narusza prawa sygnatariuszy do autonomii, odrzuca dominację jakiejkolwiek opcji politycznej, względnie siły społecznej. Celem nadrzędnym Forum jest dobro polskiej oświaty i jedynie temu celowi podporządkowują swoją działalność jego uczestnicy. Forum przyjmuje obronę interesów szkół niepublicznych i form edukacji alternatywnej, jako potencjalnych stymulatorów przebudowy systemu edukacyjnego w Polsce."

Deklarację założycielską podpisało dziewięć stowarzyszeń i fundacji prowadzących szkoły niepubliczne: Społeczne Towarzystwo Oświatowe - Bydgoszcz, Społeczne Towarzystwo Oświatowe - Warszawa, Gdańska Fundacja Oświatowa - Gdańsk, Fundacja Szkoły Społecznej - Wesoła, Fundacja Edukacji Społecznej "EKOS" - Swarzędz, Wrocławskie Stowarzyszenie Edukacyjne - Wrocław, Towarzystwo Szkolne im. Mikołaja Reja - Bielsko-Biała, Łódzkie Stowarzyszenie Społeczno Oświatowe - Łódź, Szkoła Baccalarius - Warszawa. Na drugim zjeździe KFON, w maju 1992 roku, rezygnację z członkostwa w Krajowym Forum złożyło STO.

Na trzeci zjazd KFON-u, w 1993 roku, przybyło już 38 przedstawicieli stowarzyszeń, fundacji oświatowych i osób prowadzących szkoły niepubliczne, które zgłosiły swój akces do Krajowego Forum. Na zjeździe tym powołano do życia sekretariat KFON z siedzibą w Fundacji Szkoły Społecznej w Wesołej.

W tym samym roku z inicjatywy KFON-u zorganizowana została w Ministerstwie Edukacji Narodowej ogólnopolska konferencja poświęcona problemom szkolnictwa niepublicznego w Polsce. Po konferencji odbył się kolejny zjazd KFON-u, na którym wybrano prezydium, którego przewodniczacą została Katarzyna Hall z Gdańskiej Fundacji Oświatowej. W tym samym roku KFON nawiazał stałą współpracę z Europejską Radą Stowarzyszeń Szkół Niezależnych - ECNAIS z siedzibą w Danii. Organizację współpracy międzynarodowej, a także współpracę z Sejmem RP i Ministerstwem Edukacji Narodowej powierzono Ligii Krajewskiej.

W 1994 roku kolejny zjazd KFON połaczony został z Międzynarodową Konferencją poświęconą Oświacie Niepublicznej. Powołano jedenastoosobową Radę KFON, która wybrała ze swego grona czteroosobowe prezydium w składzie: Ligia Krajewska, Janusz Hebenstreit, Andrzej Jabłoński i Bożena Pawlak. Ligia Krajewska została przewodniczącą Prezydium, a Bożena Pawlak jego sekretarzem. Sekretariat KFON przeniesiono do Gdańskiej Fundacji Oświatowej. Kolejne zmiany nastąpiły w roku 1997: poszerzono skład prezydium o osobę Wojciecha Pogasza z Fundacji Edukacji Społecznej "EKO" ze Swarzędza oraz przeniesiono sekretariat KFON do Warszawy, do siedziby I Społecznego Liceum Ogólnokształcącego przy ul. Bednarskiej 2/4, gdzie znajduje się on do dnia dzisiejszego.

W 2000 roku na wniosek członków KFON-u podjęto decyzję o zmianie formuły funkcjonowania Forum. KFON z otwartego zrzeszenia podmiotów oświatowych przekształcony został w Stowarzyszenie zarejestrowane w Sądzie Rejonowym w Warszawie. Na I Zjeździe Stowarzyszenia KFON wybrano dwunastoosobowy Zarząd. Na prezesa Stowarzyszenia wybrana została Krystyna Starczewska - dyrektor I Społecznego Liceum Ogólnokształcacego w Warszawie, wiceprezesami zostały: Ligia Krajewska z Wesołej, Jolanta Kałuża z Katowic i Renata Rosowska z Bielsko-Białej.

Krystyna Starczewska pełniła funkcje prezesa KFON przez kolejne kadencje do roku 2006, kiedy to na zjeździe Krajowego Forum w marcu 2006 roku prezesem wybrany został Jan Wróbel - obecny dyrektor I SLO na Bednarskiej w Warszawie. W skład obecnego Zarządu KFON-u wchodzą ponadto: Małgorzata Iwańska ze Słupska, Jolanta Kałuża (wiceprezes) z Katowic, Ligia Krajewska (wiceprezes i skarbnik) - z Wesołej, Piotr Machowski - z Krakowa, Renata Rosowska - z Bielsko-Białej, Andrzej Szczepański - z Sopotu, Krystyna Starczewska (wiceprezes) - z Warszawy, Marek Starczewski - z Nakła, Jolanta Węglowska - z Wrocławia, Magdalena Wątek (sekretarz) z Sosnowca. Sekretariat KFON prowadzi Anna Firek z Warszawy.

W latach 1994 - 2007 Krajowe Forum podejmowało następujące działania:

• Organizowanie corocznych szkoleń dla dyrektorów i nauczycieli szkół zrzeszonych w Krajowym Forum (organizatorem szkoleń przez cały czas istnienia KFON jest Renata Rosowska z Towarzystwa Szkolnego im. M. Reja w Bielsko-Białej)
• Organizowanie corocznych konferencji KFON na ważne dla oświaty polskiej tematy, np. Ogólnopolska Konferencja poświęcona Problemom Oświaty Niepublicznej (zorganizowana w 1993 roku we współpracy z MEN-em), Konferencja Międzynarodowa poświęcona 10 rocznicy istnienia ECNAIS-u (zorganizowana w 1998 roku), Ogólnopolska Konferencja poświęcona współpracy szkół niepoublicznych z organami samorządu terytorialnego (zorganizowana w 2000 roku we Wrocławiu), Międzynarodowa Konferencja poświęcona 10 rocznicy powstania KFON- z udziałem przedstawicieli EKNAIS-u i przedstawicieli szkół niepublicznych Czech, Słowacji i Węgier (zorganizowana w 2002 roku), Ogólnopolska Konferencja poświęcona reformie systemu edukacji (zorganizowana w 2004 roku), Ogólnopolska Konferencja poświęcona zagrożeniu autonomii szkoły zorganizowana wspólnie z redakcją miesiecznika "Dyrektor Szkoły" (2006 rok), Zachodnio - Pomorska Konferencja Szkół Niepublicznych w Szczecinie ( grudzień 2006 roku)
• Organizowanie, począwszy od roku 2001, corocznego Ogólnopolskiego Przeglądu Tetrów Szkół Niepublicznych ( pomysł i realizacja Małgorzaty Kurpiewskiej dyrektorki Szkoły "Słoneczna" w Szczecinie).
• Wydawanie redagowanego przez Renatę Rosowską pisemka informacyjnego pt. "Kfonik", a następnie prowadzenie przez nią strony internetowej KFON-u.
• Udział przedstawicieli zarządu KFON ( Ligii Krajewskiej i Krystyny Starczewskiej) w posiedzeniach Sejmowej Komisji Edukacji. (Dzięki interwencji przedstawicieli KFON-u nie doszło do niekorzystnych dla szkół niepublicznych zmian w ustawodastwie: na przykład narzucenia szkołom niepublicznycm siatki godzin lekcyjnych obowiązującej w szkołach publicznych. Doszło natomiast do podjęcia przez Sejm korzystnej dla szkół niepublicznych decyzji o podniesieniu dotacji na ucznia szkoły niepublicznej do poziomu wysokości państwowej subwencji przekazywanej na ucznia szkoły publicznej).
• Współpraca międzynarodowa w ramach ECNAIS, której owocem były czterokrotne wyjazdy szkoleniowe dyrektorów i nauczycieli szkół zrzeszonych w Krajowym Forum do Danii, wymiana uczniów szkół kfonowskich ze szkołami państw Unii Europejskiej, udział w programie "Sokrates", udział w konferencjach organizowanych przez ECNAIS ( w 2006 roku konferencja poświęcona wychowaniu do demokracji w Wiedniu z udziałem naszych uczniów), podpisanie deklaracji współpracy z przedstawicielami stowarzyszeń szkół niepublicznych Czech, Słowacji, Moraw i Węgier.

W chwili obecnej Krajowe Forum Oświaty Niepublicznej stawia sobie za cel podejmowanie działań zmierzających do utrzymania dotychczasowych zdobyczy szkolnictwa niepublicznego w Polsce, przeciwdziałania tendencjom do centralizacji systemu edukacyjnego, do ograniczania autonomii szkół, narzucania szkołom ideologicznych gotowców, wprowadzania obligatoryjnie autorytarno - represyjnych metod wychowawczych. KFON zamierza kontynuować działania we wszystkich przedstawionych wyżej kierunkach, dbając bardziej niż dotąd o właściwy obieg informacji i lepszą organizację planowanych działań.